I en vådskrubber kan den anvendte skrubbevæske være havvand eller ferskvand med kemiske tilsætningsstoffer. De mest almindeligt anvendte tilsætningsstoffer er kaustisk soda (NaOH) og kalksten (CaCO3). Skrubbevæsken sprøjtes ind i udstødningsgasstrømmen gennem dyser for at fordele den effektivt.
I de fleste skrubbere er designet sådan, at skrubbevæsken bevæger sig nedstrøms, men der findes også skrubbere, hvor skrubbevæsken bevæger sig opstrøms.
Udstødningsindtaget er enten på siden eller i bunden af tårnet. Designet sikrer, at svovloxiderne i udstødningen ledes gennem skrubbevæsken og reagerer med den, så der dannes svovlsyre.
Når det fortyndes med alkalisk havvand, kan svovlsyre (som er meget ætsende i naturen) neutraliseres. Vaskevandet udledes i det åbne hav efter at være blevet behandlet i en separator for at fjerne slam, og den rensede udstødning ledes ud af systemet.
Tågeeliminatorer bruges i skrubbetårne til at fjerne enhver syretåge, der dannes i kammeret, ved at adskille dråber, der er til stede i indgangsgassen, fra udgangsgasstrømmen. MARPOL-reglerne kræver, at vaskevandet overvåges, før det udledes, for at sikre, at dets PH-værdi ikke er for lav.
Skrubbersystem med åbent kredsløb
Dette system bruger havvand som skrubbe- og neutraliseringsmedium; der er ikke behov for yderligere kemikalier. Udstødningsstrømmen fra motoren eller kedlen passerer ind i skrubberen og behandles kun med alkalisk havvand - mængden af dette havvand afhænger af motorens størrelse og effekt.
Dette system er ekstremt effektivt, men kræver en stor pumpekapacitet, da det bruger en stor mængde havvand. Et open-loop-system fungerer godt, når det havvand, der bruges til skrubning, har tilstrækkelig alkalinitet, men havvand med en høj omgivelsestemperatur samt fersk- eller brakvand er ikke effektivt og kan ikke bruges.
Af disse grunde anses en scrubber med åbent kredsløb ikke for at være en egnet teknologi til områder som Østersøen, hvor saltholdigheden ikke er høj.
Skrubbersystem med lukket kredsløb
Det lukkede system fungerer efter samme principper som det åbne system: Det bruger ferskvand behandlet med et kemikalie (normalt natriumhydroxid) i stedet for havvand som rensemedie. SOx fra udstødningsgasstrømmen omdannes til harmløst natriumsulfat.
Før det recirkuleres til brug, ledes vaskevandet fra et scrubbersystem med lukket kredsløb gennem en procestank, hvor det renses. Skibe kan enten medbringe ferskvand i tanke eller generere det nødvendige vand fra ferskvandsgeneratorer om bord.
Små mængder vaskevand fjernes med jævne mellemrum til opbevaringstanke, hvor der kan tilsættes frisk vand for at undgå ophobning af natriumsulfat i systemet. Et lukket kredsløb kræver næsten halvt så meget vaskevand som et åbent kredsløb, men systemet kræver flere tanke.
Disse omfatter en proces- eller buffertank, en holdingtank, hvorigennem udledning til havet er forbudt, samt en opbevaringstank, der kan regulere sin temperatur mellem 20º og 50ºC til natriumhydroxiden, som normalt bruges som en 50 % vandig opløsning.
